在合同中，如果甲方发现乙方的施工程序存在质量问题并要求乙方进行整改或重新处理，则可以认为是乙方需要承担违约责任。在这种情况下，如果甲方决定不支付相应的款项作为对乙方的补偿，则这种行为并不违反法律规定。 然而，如果甲方扣留部分款项作为赔偿金，并且没有提供足够的证据来支持其索赔，那么这样的做法可能会被视为欺诈或其他形式的不当行为。因此，在采取任何措施之前，建议与乙方协商解决方案，并确保所有协议和约定都得到遵守。