《中华人民共和国劳动法》规定。“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”因此，如果员工因实习考核不合格而被拒绝发放三个月的工资是不合法的。实习生在实习期间应获得相应的薪酬待遇，并且该待遇不应因为其实习表现不佳而受到影响。如果你对工资问题有疑问或争议，建议你与雇主进行沟通，寻求解决方案。同时，也可以考虑向当地的人力资源和社会保障部门投诉，以维护自己的合法权益。