《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定。“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”根据上述法律规定，公司的规章制度中关于“旷工一天扣三天工资”的条款并不符合法律规定。因此，这种做法是不合法的。