根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条的规定，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。因此，在实践中，如果员工的工作时间安排与国家规定的标准工时制度不符，且该企业能够证明其确实无法按标准工时制度执行，则可以实行综合计算工时工作制。 然而，在实际操作中，对于是否允许员工在患病的情况下申请病假休息，并没有一个明确的规定。通常情况下，企业应当按照法律规定和合同约定来处理这类问题。如果员工在患病期间需要请假，应由医院出具相关证明材料，以确定是否符合请病假的要求。同时，企业也需要遵守相关规定，确保员工的健康权益得到保障。 总的来说，员工在患病时能否申请病假休息，应当具体情况具体分析，遵循合法合规的原则进行处理。