在回答这个问题之前，需要明确协议的具体内容以及涉及的相关法律法规。一般来说，合同的效力取决于多个因素，包括但不限于合同当事人的意愿、合同内容的合法性、合同形式的合规性以及是否存在法律规定的无效情形。 如果协议是当事人自愿签订的，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且形式上符合合同法的要求，那么协议通常是有效的。然而，如果协议中的某些条款违反了公序良俗，或者违反了法律的强制性规定，这些条款可能会被认定为无效。此外，如果协议存在欺诈、胁迫等情形，也可能影响其效力。 具体到借款问题，如果协议中涉及到的利率超过了国家规定的最高利率限制，或者协议中存在以借款为名行非法集资之实等情形，这些条款可能被认定为无效。另外，如果协议中的某些条款对一方当事人明显不公平，或者协议的履行可能导致一方当事人的合法权益受到严重损害，这些条款也可能被法院认定为无效。 因此，要判断协议中的部分条款是否有效，需要具体分析协议的内容、当事人的意愿以及相关法律规定。如果需要更详细的法律意见，建议咨询专业律师，提供协议的具体内容进行分析。