根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者在工作期间应当遵守公司的规章制度，并完成工作任务。如果员工在工作中违反了公司的规定，公司有权对其进行处罚或解雇。 如果您在公司上海总部的实习期间被要求提交个人学习项目的源代码，但拒绝提交并返回到武汉分部，这可能被视为对公司的违反。在这种情况下，公司可以采取各种措施来处理这个问题，包括但不限于罚款、警告或其他纪律处分。但是，这些措施必须符合法律规定，并且应该由合法的程序进行。 此外，如果公司已经将您告上法庭，那么您可能会面临赔偿损失的风险。然而，具体是否需要赔偿取决于法院的判决和相关法规的规定。因此，在这种情况下，建议您与公司沟通，了解具体情况，并寻求专业的法律意见以保护您的权益。