在大多数情况下，农村小业主经营的小店铺使用的是非居民生活用水。根据《中华人民共和国水法》的规定，非居民生活用水的适用范围包括但不限于家庭生活用水、公共设施和绿地用水等。 因此，在中国农村，如果您的小店属于上述范围，并且按照当地规定向供水公司缴纳了相应的费用，则使用非居民生活用水是符合法律规定和市场规则的。然而，具体是否需要支付商业用水费用，还需要您所在地的自来水公司或水务局进行确认。 如果您对具体的收费标准或者是否有额外费用存在疑问，请咨询当地的自来水公司或水务局，他们将能够提供准确的信息。此外，也建议您了解本地的相关法规政策，以确保自己的经营活动合法合规。