公司克扣员工工资是违反劳动法的违法行为。根据《中华人民共和国劳动民法典》第三十条规定。“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”这意味着，如果公司未按照劳动合同约定或法律规定向员工支付工资，那么该行为属于违法。 此外，《中华人民共和国社会保险法》第四条也明确规定了用人单位必须为职工缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险等，并且这些保险费用由用人单位和个人共同承担。因此，即使公司在员工入职时没有办理好相关的档案手续，也不应该成为拒绝支付员工工资的理由。 如果您发现公司存在克扣工资的情况，请尽快与公司进行沟通协商，要求公司补发拖欠的工资并依法维护自身的合法权益。同时，建议您收集相关证据，如工资单、考勤记录、合同复印件等，以备日后维权使用。如果情况严重，可以考虑寻求法律帮助，通过合法途径解决问题。