根据《中华人民共和国民法典》的规定，如果一方当事人在合同中加盖的是两个不相隶属的公司合同章，该行为并不影响合同的效力。只要合同主体符合法律规定，并且双方当事人对合同内容进行了充分协商和同意，则该合同应当被认为有效。 然而，在实践中，这种情况下可能会引发一些争议，因为不同的公司可能有不同的权利义务规定，这可能导致合同履行过程中产生纠纷。因此，建议在签订合同时，确保所有相关方都清楚各自的权利义务，并尽可能地明确约定各方的责任和利益。 此外，为了维护自身的权益，合同当事人可以考虑聘请专业的法律顾问进行审查和修改，以确保合同条款的合法性及可操作性。