如果您的公司已经进行了工商登记的注销，并且已按规定在指定报纸上发布了注销公告，那么税务部门应该会按照规定处理。一般来说，税务部门不会因为公司的工商登记状态而对企业的税务责任产生影响。 然而，具体情况可能会有所不同。例如，如果您的公司在过去的一段时间内一直没有向税务机关提交纳税申报表或者存在其他违反税务法规的行为，那么税务部门可能需要采取进一步的措施来确保企业履行其应尽的责任和义务。 因此，我建议您与当地的税务管理部门联系，了解他们对于简易注销过程中税务申报的要求和程序。同时，您也可以考虑聘请专业的税务顾问或法律顾问帮助您处理相关事宜，以确保公司的税务合规性和合法性。