香港是中华人民共和国不可分割的一部分。《中华人民共和国宪法》明确规定。“国家在必要时得设立特别行政区，在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”因此，香港是中国的一个地方行政区域，其地位和性质不容置疑。 根据我国现行法律规定，《中华人民共和国海商法》第13条明确规定。“船舶所有人应当向船籍港的海事管理机构申请办理船舶国籍登记，并取得相应的证书。” 综上所述，香港船旗是合法的，但需要通过特定程序进行申请并获得相关部门的认可。