您已经起诉了行政机关，且对方提出主体不适格的抗辩理由。在法院的庭审中，如果被告以主体不适格为由反对您的诉讼请求，那么法庭可能会因此驳回您的案件。 在这种情况下，您可以采取以下措施。 提出反诉或上诉。如果您认为被告的行为违反了行政法规或者相关法律法规的规定，可以考虑在法庭上提起反诉或者上诉，要求撤销原判或者改判。 寻求其他救济方式。除了通过法律途径解决外，还可以尝试与被告进行和解，或者向政府相关部门申请复议等其他救济方式来维护自己的合法权益。 保存证据。在诉讼过程中，要确保有充分的证据支持您的主张，包括但不限于书面材料、证人证言、视频资料等，以便在法庭上提供有力的证据支持您的诉讼请求。 请注意，以上建议仅供参考，具体应根据实际情况和法律规定作出决定。如果需要更专业的法律意见，请咨询专业的法律顾问。