无民事行为能力人是指未满十八周岁的未成年人以及完全丧失或者部分丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病人。在他们无法进行民事活动的情况下，他们的婚姻关系将由其法定代理人代为处理。 根据《中华人民共和国民法典》的规定，对于无民事行为能力人或限制民事行为能力人的婚姻家庭关系的调整和处理，一般采用的是法定代理制度。这意味着，在此类情况下，法院有权基于调解协议对婚姻关系作出判决，并不直接适用传统的“判决”方式。 这种做法背后的法理在于保护无民事行为能力人的权益不受损害。由于他们在法律上不具备独立的人身权能力和财产权利，因此需要由其法定代理人行使相应的权利和承担相应的义务。通过法律规定的方式，允许法院基于调解协议作出判决，能够确保这些人在法律上的利益得到保障。 此外，这种做法也有助于提高司法效率。相比于直接适用传统程序审理此类案件，通过调解协议达成一致意见并据此作出判决，不仅节省了时间成本，也减少了当事人因诉讼而产生的经济负担。同时，这也符合现代法治精神中的公正与效率原则。 综上所述，无民事行为能力人的离婚案件中，法院基于调解协议作出判决是出于保护无民事行为能力人权益考虑的一种规定，旨在实现公正与效率的平衡。