您购买的房屋总价为108万元，并且与中介公司签订了一份协议，其中包含了一些税费和中介服务费用。根据您的描述，这些费用总金额为40,000元，包括契税、个人所得税以及可能涉及的其他费用。 如果这个费用总额被正确地写入了购房合同中，并且双方都同意并接受了这个价格，那么这并不构成欺诈行为。然而，如果您认为这笔费用过高或者存在误导性陈述，请考虑寻求专业的法律意见或调解机构的帮助来解决争议。 此外，由于您已经拿到了房产证并且房管局的造价仅为60多万元，这意味着实际支付的费用可能远低于合同上的金额。在这种情况下，您可以要求开发商退还超出实际花费的部分。 总之，具体是否可以起诉需要依据具体情况和当地法律规定来判断。建议您联系当地的法律专业人士获取更具体的建议。