您好！《中华人民共和国社会保险法》第四章第二十九条规定，参加职工基本医疗保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇；未达到国家规定年限的，可以缴费至国家规定年限。所以您提到的合作医疗费用与扶贫款是否应当合并扣除的问题，需要根据当地的相关政策来判断是否合理。如果您对相关政策有疑问，建议向当地的社保部门或相关部门进行咨询。