根据《劳动法》第36条的规定，劳动者享有获得劳动报酬的权利。如果公司未提供任何证据证明员工的迟到行为是由于不可抗力或者特殊情况导致的，那么公司应当按照劳动合同约定支付相应的工资。 此外，《劳动法》第38条规定了用人单位有义务为劳动者建立工作档案，并且保存相关记录。因此，即使员工丢失了考勤纸卡，也应当保留好其他有效的考勤记录，以便在必要时作为证明材料使用。 综上所述，除非员工确实无法提供有效的考勤记录，否则公司不得以此为由拒绝支付工资。如果您认为自己受到了不公平待遇，请及时向当地人力资源和社会保障部门投诉或寻求法律帮助。