《中华人民共和国城乡规划法》规定。“任何单位和个人不得占用、损害或者擅自移动、涂改建筑物控制地带的标志。”因此，乡镇政府在未经法定程序并取得合法授权的情况下，要求农民提交“备案证明”来获取其租赁房屋的权利是不合法的。这侵犯了农民的基本权利和财产权益，也违反了相关法律法规的规定。 解决此类问题的关键在于确保当地政府的行为符合法律规定，并且尊重农民的合法权益。如果农民对当地政府部门的要求有疑问或不满，可以向当地的政府相关部门或上级机关反映情况，寻求帮助和支持。同时，也可以考虑通过法律途径维护自己的权益，比如申请行政复议或提起诉讼等。