根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者在申请劳动仲裁时，可以要求用人单位支付经济补偿金。如果公司在仲裁中被判定需要赔偿部分费用，则这部分赔偿可以在申请劳动仲裁时作为请求之一。但是，在随后的诉讼程序中，是否能获得赔偿则取决于具体案件的具体情况和法律规定。 需要注意的是，具体的赔偿金额通常会根据仲裁结果确定，包括但不限于工资、社会保险费等，并可能涉及违约金或额外损失赔偿。此外，由于赔偿是基于仲裁结果，因此在实际操作过程中可能会遇到一些挑战，如证据收集、诉讼策略制定等问题。建议您在处理此类纠纷时寻求专业的法律意见以确保权益得到充分保护。