您的描述中提到的“良种补贴”是指政府对种植优良农作物给予的财政补贴。根据我国相关法律法规，农民在获得良种补贴时应当享有知情权和公平待遇。 如果您认为村干部擅自扣除良种补贴的行为违反了法律规定，您可以向当地村委会或上级农业主管部门投诉，要求解决此问题并维护自己的合法权益。同时，您也可以考虑寻求法律帮助，比如聘请律师进行法律咨询或者诉讼，以确保自己的权益得到保护。 请注意，以上信息仅供参考，具体操作应遵循当地的法律法规及政策规定。