职称评定是根据国家有关法律法规进行的，通常包括学历、资历、业绩等多方面的综合考量。在您提到的情况下，如果您的毕业证和执业证都是中医专业的，那么在职称评定中可能会被认定为中医类别，并且可能需要提供相关的证明材料来支持您的申报资格。然而，如果您在2000年进入中级时申报的是内科主治医师，这可能会影响您目前晋升到副高的申请。 关于这个问题的具体处理方式，建议您直接联系当地的卫生健康部门或者人力资源和社会保障部门，询问他们是否有相关政策或程序可以解决您的问题。此外，也可以考虑寻求法律援助，以确保您的合法权益得到保护。