在您提到的情况下，如果承包方已经按照法律规定的方式与政府机关签订了承包荒山的合同，并且种植了果树，那么这些果树应当被视为承包方的财产。根据《中华人民共和国森林法》的规定，承包经营者对承包的林木享有所有权和使用权。因此，即使林业部门将该土地登记为经济林，承包方也拥有其相应的权利。 需要注意的是，这并不意味着承包方可以无限期地使用这片土地或其上的树木。根据法律规定，承包人在合同期限内应按约定方式管理并维护承包的土地，不得擅自改变用途或者损害生态环境。此外，承包方还应当遵守当地的环境保护法规，确保树木生长健康、环境质量良好。 总之，在这种情况下，承包方应该密切关注自己的权益保护，同时也要尊重法律和政府的规定，以避免不必要的纠纷。