您好，根据我国相关法律规定，租赁合同中的租金支付应当按照约定进行。如果双方在合同中对租金的支付方式有明确约定，那么应按照约定执行。 在此情况下，若乙方已经将车库门全部更换为新门，并且已通知甲方，而甲方没有及时提出异议并要求退还租金，则视为乙方已经履行了自己的义务，甲方无权要求乙方退还租金。 因此，在这种情况下，您可以与乙方协商解决这个问题，或者通过法律途径解决。但需要注意的是，您需要提供足够的证据证明乙方已经完成了合同约定的工作，以及乙方是否收到了相应的报酬等信息。