你好！根据《中华人民共和国城乡规划法》第二十六条规定。“建设单位或者个人在取得建设工程规划许可证后，方可办理建设用地和建设工程报建手续。”因此，超市未经北京市地下空间管理部门的备案就擅自占用地下空间的行为是违法的。此外，《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条也规定，“未依法取得建设用地批准文件而占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。” 综上所述，超市未经北京市地下空间管理部门的备案就擅自占用地下空间的行为是违法的，并且可能面临罚款和行政处分的风险。建议你及时与相关政府部门沟通，了解具体法律规定，并采取必要的补救措施。