非农业户口是按照户籍性质分类的一种。在某些地区，对于部分特定用途的土地，如住宅用地等，可能需要特定的身份证明文件才能申请相关土地使用权。如果该地区的政策允许非农业户口居民申请宅基地使用，并且符合相关的条件和程序，则其持有的宅基地证可能是有效的。 然而，在一些地方，可能存在对非农业户口居民申请宅基地使用权的限制或要求。因此，具体情况需要根据当地的具体规定来确定是否合法。如果您有具体的问题或者需要进一步的帮助，请提供更详细的信息以便我能够给出更准确的回答。