如果甲方违约并已经支付了一万的违约金给乙方，那么根据合同法的规定，甲方应该向乙方返还已支付的两万元定金。因此，即使甲方同意支付一万的违约金，也不能要求乙方返还剩下的两万元定金。此外，由于违约金和定金具有不同的性质，两者不能相互抵消或合并计算。所以，甲方应当向乙方支付两万元作为违约赔偿，并且不能再要求乙方返还剩余的两万元定金。