您好，保证金在合同中是合法有效的。保证金是指为保证债务的履行，在合同成立后，债权人预先向债务人收取一定数额的款项，作为债务不履行时的赔偿。如果双方签订的合同中明确约定有保证金条款，则该保证金可以作为合同的一部分存在，并且具有法律效力。因此，在您与对方签订合同时，如果您已经缴纳了保证金，那么这笔费用应当被看作是在合同中的一个部分，并且应当受到相应的保护。