在您的情况下，公司扣减员工工作期间的工资是不合法的行为。根据劳动法规定，企业不得无故扣除或减少员工的基本工资。如果公司确实需要补偿，应当按照法律规定的方式进行，比如通过延长工作时间、加班或者给予一定的经济补偿等。 请注意，上述回复仅供参考，并不代表法律意见。具体情况请咨询专业的法律顾问以获得最准确的解答。