《企业所得税法》第二十五条规定。“企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。”根据该规定，如果企业的亏损是由于经营不善造成的，且在会计上已确认了损失，则可以从应纳税所得额中扣除。因此，如果公司的亏损是由正常经营产生的，并且企业在会计上已经确认了相应的损失，那么该公司可以将这部分亏损从其补偿金中扣除。 然而，如果公司的亏损不是由正常经营产生的，而是由于违反法律法规或其他不可抗力因素导致的，那么这种亏损不应从补偿金中扣除。此外，如果公司在补偿金中提取了足够数量的资金用于弥补未来的经营亏损，或者这些资金已经被用作其他用途（如支付员工工资等），则可能需要重新评估是否应当从补偿金中扣除。 综上所述，如果公司的亏损是在正常的经营活动中产生的，且已经在会计上进行了确认，那么它可以从补偿金中扣除。但如果亏损是非正常或无法归因于正常经营活动的，那么通常情况下，不得从补偿金中扣除。最终决定权在于具体的法律条款和实际情况。