根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第十六条的规定，对于违反国家有关消防规定进入生产、储存易燃易爆危险物品场所的行为，处警告或者五百元以下罚款；情节严重的，处五日以下拘留。因此，如果公司在厕所内发现有人抽烟，并对其进行罚款的行为是不合理的，因为这是违法的。建议您向相关部门投诉并寻求帮助，以确保您的权益得到保护。