如果员工在工作时间内突发疾病并在后续的医疗诊断中被确认为脑炎，这可能是工伤的情形。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者因工负伤或者患职业病，依法享受国家规定的工伤保险待遇。 首先，用人单位应当及时向相关部门报告员工患病情况，并配合调查和处理。其次，对于该事件，用人单位可能需要承担一定的责任。例如，在工作中存在明显隐患或未提供足够的安全保障措施，导致员工患病，可能构成雇主责任险中的雇主过失责任。 然而，具体赔偿金额还需要根据员工的具体病情、治疗费用以及是否符合工伤认定标准等因素进行评估。因此，建议您咨询专业的法律人士或人力资源部门以获取更准确的信息和帮助。同时，确保您的权益得到保障是非常重要的。