在农村修公路征收土地和树木被破坏的纠纷中，首先需要明确征收的合法性。如果征收是依据国家相关法律法规进行的，并且已经按照法定程序进行了公告、评估和补偿，则征收行为是合法的。被征收方应配合征收工作，但有权要求获得合理的补偿。 如果征收过程中存在程序违法或补偿不公的情况，被征收方可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求纠正违法征收行为或提高补偿标准。对于树木被破坏的情况，如果是因为征收过程中的不当操作导致的，被征收方同样有权要求赔偿损失。 在处理这类纠纷时，建议首先与征收方进行协商，尝试通过友好沟通解决问题。如果协商无效，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。同时，要注意收集和保留相关证据，如征收公告、补偿协议、树木破坏的现场照片等，以便在法律程序中使用。