协议书是双方当事人就合同事项达成一致意见的重要书面文件。在签订协议时，如果存在某些条款不符合法律规定或双方约定，可能会导致协议无效或部分无效。然而，在这种情况下，是否会导致整个协议失效，取决于具体的情况。 首先，需要明确的是，即使有违反法律规定的条款，只要这些条款不影响其他合法有效的条款，那么整个协议仍然可以被认定为有效。这是因为法律允许合同中的某些条款因违反法律规定而被视为无效，但并不意味着所有其他的条款都必须被废弃。 其次，对于那些违反了法律规定或双方约定的条款，法院可能会要求对它们进行修改或者撤销。这意味着，尽管这些条款可能会影响整个协议的效力，但它们本身仍然是有效的，并且可以在必要时通过谈判或诉讼来解决。 最后，需要注意的是，即使是有效的协议也可能因为一些不可抗力因素（如自然灾害、战争等）而无法履行。在这种情况下，一方可以请求解除协议，但这通常不会影响到其他未涉及违约的一方。 综上所述，虽然协议书中可能存在违背法律法规和双方约定的条款，但如果这些条款不影响其他合法有效的条款，则整个协议仍然可能被认为是有效的。同时，如果这些条款导致整个协议无效，可以通过修改或撤销等方式来解决问题。