根据劳动法规定，劳动者应当按照约定履行义务，包括按时缴纳社会保险费。在本案例中，您已经按照约定的时间和方式缴纳了保险费用，并且没有违反任何关于请假的规定。 因此，您的单位不应该扣除与请假相关的部分，因为这不符合法律规定和劳动合同中的约定。如果您对单位的处理有疑问，建议及时与单位进行沟通或寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。