《中华人民共和国公务员法》第四十六条规定。“行政机关公务员受处分的期间为。警告，六个月；记过，十二个月；记大过，十八个月；降级、撤职，二十四个月。”根据该规定，对于公务员受到警告处分，其扣发两个月的基本薪酬的绩效奖金是合理的。但是，具体的扣款数额应当由单位或上级机关根据实际情况决定，并且应当遵守相关法律法规和程序，确保公正、公平、公开的原则得到遵循。 此外，需要注意的是，对于违纪行为，单位或上级机关应依据相关规章制度进行调查处理，并按照法定程序对违纪人员给予相应的行政处分，以维护正常的组织纪律和工作秩序。在处理过程中，应当充分考虑违纪行为的性质、情节和后果，做到客观公正，保护当事人的合法权益。 最后，建议您与单位人事部门沟通，了解具体的扣款标准和程序，以便更好地理解和应对可能存在的争议。