《中华人民共和国公证法》规定，当事人申请办理公证事项必须提交证明其具有行为能力或行为后果能力的证据。在涉及不动产的公证中，如果赠与方未取得不动产权证书，那么在赠与合同中约定由受赠人支付一定款项给赠与方，则该赠与合同可能构成赠与合同，并且应当符合其他法律规定。 因此，在这种情况下，公证机构可以根据具体情况审查和判断赠与合同是否合法有效。但是，如果赠与方未能提供相应的证据来证明其拥有权利能力和行为能力，或者赠与合同的内容不符合法律规定，那么公证机构可能会拒绝为该赠与合同进行公证。 综上所述，虽然《中华人民共和国公证法》对公证程序有明确规定，但在具体操作中，公证机构需要根据实际情况，考虑赠与合同的合法性以及赠与方的权利能力和行为能力等因素，作出合理的处理决定。