员工手册是企业内部制定的规范员工行为的文件。如果员工手册中明确规定了在工作时间内不得使用手机，并且对违反规定的行为进行了相应的惩罚，那么这种做法是合法的。 然而，在实践中，是否需要书面警告和扣发绩效奖金等处罚，以及这些措施是否合理，往往取决于具体的情况。例如，如果该员工的手机使用与工作的直接关系非常密切，或者频繁使用手机导致工作效率低下，那么可能就需要采取更严厉的措施。 因此，在处理此类问题时，重要的是要确保所有决策都是基于事实和证据，并且符合法律法规的要求。如果员工对此存在异议，可以寻求工会或劳动仲裁委员会的帮助，以维护自身的合法权益。