根据您提供的信息，您在与公司的劳动关系期间确实存在一些争议和不公正待遇的问题。首先，关于您的毕业证书是否影响合同效力，通常情况下，只要双方同意并签订劳动合同，即使没有学历证明或其他文件，该合同仍然有效。因此，在这种情况下，您有权要求公司按照原定的合同条款支付剩余的工资。 其次，关于您提到的未及时续签合同以及不公正待遇，如不按时发放工资等，这些行为都可能构成违约或不当行为。如果您认为自己的权益受到了侵犯，建议采取以下措施。 保留所有相关证据，包括但不限于合同副本、工资单、电子邮件等； 联系当地的人力资源和社会保障部门寻求帮助，了解有关保护劳动者权益的相关法律法规； 如果情况严重，可以考虑向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。 请注意，上述信息仅供参考，具体法律适用应依据您所在地的具体法律规定。希望我的回答对您有所帮助。