关于您提到的问题，根据《中华人民共和国教育法》和相关法律法规的规定，学校应当保障学生的合法权益，不得侵害学生的合法权利。在本案例中，如果该大学与应用程序合作的方式涉及到对学生的不合理限制，例如要求学生每周跑步两次，每次跑步两公里且必须在18分钟内完成，并且这些规定与学生的健康状况不符，可能会违反相关的法律规定。 此外，《中华人民共和国刑法》中的“妨害社会管理秩序罪”明确规定了破坏公共安全的行为，如故意危害他人生命、健康或者财产安全等行为。若上述规定中的跑步时间过长或过于严格，可能导致学生在执行过程中受伤或疲劳过度，影响身体健康和学习效率，也有可能构成犯罪行为。 因此，建议您联系专业的法律机构进行进一步的分析和指导，以确保您的权益得到保护。同时，在处理此类问题时，应遵循公平、公正的原则，充分考虑学生的实际情况和需求，避免对学生造成不必要的伤害。