在这种情况下，首先需要确定合同涂改是否经过双方同意，并且双方是否都对涂改后的合同内容表示认可。如果涂改是双方协商一致的结果，并且有证据证明甲方当时同意了这些变更，那么即使甲方现在不承认，涂改后的合同内容依然有效。 你可以采取以下步骤： 1. 收集证据：尝试找到任何可以证明双方同意合同变更的证据，如短信、邮件、录音或第三方证人证言等。 2. 沟通协商：再次与甲方沟通，明确指出合同变更是双方同意的结果，并提出已有的证据。 3. 法律咨询：如果甲方仍然不承认，可以寻求专业法律咨询，了解你的权益和可能的法律途径。 4. 法律途径：如果协商无效，可以考虑通过法律途径解决争议，比如向法院提起诉讼，请求确认合同变更的有效性。 关于粮食补贴，如果合同中有关补贴的条款是涂改后的内容，并且你有证据证明这些变更是双方同意的，你可以向相关部门提供这些证据，申请补贴。如果甲方的合同丢失，不影响你依据有效合同条款申请补贴的权利。如果相关部门需要甲方的确认，你可以尝试提供协商和变更过程中的证据，以证明合同内容的真实性。