《中华人民共和国民法典》第二百二十六条质押财产折价或者拍卖、变卖后，其价款超过债权数额的部分归出质人所有，不足部分由债务人清偿。因此，在办理车辆质押登记时，出质人应当在《机动车抵押登记/质押备案申请表》中明确约定，当车辆的市场价格不足以覆盖贷款本息时，剩余款项应作为借款人（即债务人）的债务。 在实践中，如果借款人在还款期间未能按时足额偿还贷款本息，债权人有权向人民法院提起诉讼，要求借款人清偿全部欠款和逾期利息等费用。同时，债权人还可以依法行使优先受偿权，从出质人的担保财产中优先获得清偿。 因此，尽管出质人在《机动车抵押登记/质押备案申请表》上未签字，但这并不影响质押合同的有效性。如果双方就剩余款项的处理方式达成一致意见，并通过公证机关对协议进行公证，则该协议仍然有效，可以保障债权人的权益。 需要注意的是，具体操作过程中，建议根据当地法律法规及司法解释的要求，详细审查并确保合同条款的合法性与合理性。同时，为避免可能发生的纠纷，最好请专业的法律顾问进行指导和协助。