根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定，如果您的公司作为制药厂的正式员工进行销售药品的行为，并且您向代理商收取了额外的提成，那么这种行为可能构成不正当竞争。根据该法，商业贿赂是指经营者为争取交易机会或者维持现有交易而给予对方或者对方的工作人员财物或者其他好处的行为。 在您的情况下，由于您是制药厂的正式员工，您的行为可能会被视为间接地给其他商家（即代理商）提供了不正当的利益，这可能导致竞争对手之间的不公平竞争。因此，建议您及时与公司的法律顾问沟通，了解是否有可能存在违规风险，并寻求合适的解决方案以避免潜在的法律后果。同时，遵守相关法律法规，确保公司在合法合规的前提下开展经营活动。