根据《中华人民共和国劳动法》规定，劳动者在劳动合同履行期间因工作岗位或者工作内容变更，从事与所订立劳动合同中未告知的职业病危害作业时，用人单位应当依照前款规定，向劳动者履行如实告知的义务，并协商变更原劳动合同有关条款。如果公司在发放岗位补助时明确说明了该补助只针对原有的岗位，而现在这个岗位已经不存在了，则公司有权依据合同解除双方之间的劳动关系，并据此扣除剩余的补助金额。 然而，对于具体的扣除比例和方式，应该由公司与员工进行协商并签订补充协议来确定。如果公司没有提供足够的证据证明其扣减补助的理由是合理的，那么员工可能需要通过仲裁或诉讼途径来维护自己的权益。 请注意，在处理此类争议时，应尽量保持专业的态度和公正的行为准则。