根据我国法律规定，调解协议书和房产证在处理产权纠纷时具有同等效力。如果双方同意通过调解解决争议，并达成了一致意见，那么调解协议书可以作为处理产权纠纷的重要依据。 然而，在实践中，有些情况下可能会出现房产证与调解协议书不一致的情况。这可能是因为在调解过程中，一方或双方对某些细节存在误解或者未明确表达自己的观点，导致最终的调解协议书与实际情况不符。在这种情况下，即使双方已经签署了调解协议书，也可能需要进一步协商以确认各方的权利义务。 此外，一些地方可能会有专门的仲裁机构或法院来处理这类案件，这些机构通常会参考多个证据来源，包括调解协议书和房产证等文件，从而做出公正的裁决。 总之，如果双方对于调解协议书中的权益分配存在异议，可以通过协商或向相关部门申请仲裁等方式寻求解决。同时，建议在签订任何合同或协议前，仔细阅读并理解所有条款，避免因信息不对称而导致不必要的纠纷。