您好！根据《中华人民共和国劳动民法典》的规定，用人单位应当在用工之日起一个月内与劳动者签订书面劳动合同。如果公司在员工入职三个月后仍未签订劳动合同，这可能被视为违法解除劳动关系。在这种情况下，员工有权要求公司支付双倍工资，并且有资格申请劳动仲裁。 此外，如果公司试图扣押员工的工资作为违反劳动法规的惩罚，员工也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。您可以咨询专业的律师或法律机构以获取更具体的建议和指导。 请注意，以上信息仅供参考，具体情况应依据您所在地区的法律法规及实际情况进行分析。