在某些情况下，公司有权从员工的工资中扣除个人所得税。然而，如果公司的做法违反了相关法规或合同条款，那么这种行为可能是不合法的。 根据中国税法规定，企业应依法代扣代缴员工的个人所得税，并且不得采取任何非法手段逃避这一义务。因此，除非公司有明确的法律规定和协议约定，否则将员工的工资直接扣除个人所得税的做法是不合法的。 此外，公司还应该确保其财务记录完整准确，避免因税务违规而遭受罚款或其他处罚。建议您与公司进行沟通，了解具体的扣款情况并寻求专业的法律意见，以保护自己的合法权益。