如果女方在怀孕期间与男方协议离婚，则房产的归属可能会受到影响。根据我国法律规定，在婚姻关系存续期间，夫妻双方共同拥有财产，包括但不限于房屋等不动产。因此，即使女方在怀孕期间与男方协议离婚，该房产仍可能属于共同财产的一部分。 然而，具体到你提到的情况，即女方怀有身孕时，家中的房子进行拆迁，且按照人口计算面积为45平方米。在这种情况下，如果拆迁补偿款没有分配给女方，那么在离婚的情况下，男方可能需要将这部分补偿款视为共同财产的一部分来分配。 需要注意的是，具体情况还需要结合当地的法律法规以及具体的案情来确定。建议您咨询专业的律师以获得更准确的法律意见。