根据《劳动法》规定，用人单位不得无故扣除员工的工资，并且在解除劳动合同后应当依法支付经济补偿金。因此，该单位的行为不合法。 至于是否需要缴纳3000元罚款的问题，这需要看具体的规定和相关法规。建议您与单位进行协商，如果无法解决，可以考虑向当地劳动监察大队或劳动仲裁委员会投诉，以维护自己的合法权益。同时，也可以通过法律途径寻求帮助，如申请劳动仲裁等。