在合同中明确约定违约责任是非常重要的，以便双方了解各自的权利和义务。如果一方未能按照合同规定的时间履行其义务，另一方有权要求赔偿或采取其他救济措施。在您的情况下，如果对方因硬盘损失而延迟了进度，并且您希望他们支付赔偿金或其他补偿，您可以考虑与对方协商解决这个问题。如果对方拒绝您的请求并坚持要您签署保密协议，这可能意味着他们不打算遵守合同中的任何条款。在这种情况下，您可以考虑寻求法律帮助来保护自己的权益。