您好，根据相关法律规定，如果机动车主已经垫付了近16000元的医疗费用，并且这部分费用在保险公司赔偿范围内，那么保险公司将按照合同约定向机动车所有人进行赔付。但是，在这种情况下，机动车主可能需要提供相关的证明材料，例如发票、收据等，以证明这部分费用确实是用于治疗的。此外，还需要确保这部分费用的支付符合法律规定，例如是否属于交通事故造成的损失，以及是否有相应的证据支持。 对于具体的处理方式和流程，建议您与保险公司或法律顾问进一步沟通，以便得到更详细的指导和帮助。同时，需要注意的是，虽然保险公司在理赔时可能会优先考虑机动车所有人的权益，但最终的决定权仍然在于保险公司，因此应尽可能收集并准备充分的证据来支持自己的主张。