《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条明确规定。“离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”因此，如果夫妻双方同意在两年后变更孩子的抚养权，则可以在协议中明确约定这一事项，并且考虑到孩子的成长和未来需求，建议尽可能地考虑孩子的实际利益和需要，以公正公平的方式处理孩子的抚养权变更事宜。同时，在具体操作过程中，应充分考虑法律规定以及相关法律法规，确保协议内容合法有效。